Organiser ses références

Dans Zotero, les références accompagnées de fichiers ou de notes sont précédées d’une flèche. Cliquez sur cette dernière pour faire afficher les éléments enfants. Double-cliquez sur le nom du fichier pour l’ouvrir.

La présence d’un point bleu  dans la colonne Fichiers joints  indique la présence d’un fichier joint.

Lorsque Zotero capture une référence en ligne, il joint le PDF associé et une capture d’écran de la page s’ils sont disponibles.

Désactiver l’ajout automatique des fichiers joints lors de la capture

Les paramètres permettant de contrôler l’ajout automatique des fichiers joints (PDF ou captures d’écran) se trouvent à deux endroits, qui correspondent aux deux méthodes d’ajout de référence dans la bibliothèque Zotero: 

• Dans les paramètres du logiciel Zotero, pour les références ajoutées via le logiciel.
• Dans les paramètres du connecteur Zotero de votre navigateur, pour les références ajoutées directement en ligne sur un compte zotero.org.

Désactiver l’ajout automatique des fichiers joints dans le logiciel

Dans Zotero, cliquez sur:

• PC: Édition > Préférences > Onglet Générales
• Mac: Zotero > Préférences > Onglet Générales

Puis décochez les options:

Désactiver l’ajout automatique des fichiers joints dans le connecteur Zotero de votre navigateur

Accédez aux options du connecteur dans votre navigateur:

• Firefox: Clic droit sur l’icône > Préférences
• Chrome: Clic droit sur l’icône > Options
• Safari: Clic maintenu sur l’icône > Options

Puis décochez les options:

Associer un fichier à une référence existante

Deux options sont possibles:

• Ajouter une copie du fichier dans Zotero: vous pouvez faire un glisser-déposer du fichier sur la référence ou sélectionner celle-ci puis cliquer sur  (Ajouter une pièce jointe) > Joindre une copie enregistrée d’un fichier.
• Pointer vers le fichier sur votre ordinateur: sélectionnez la référence et cliquez sur  (Ajouter une pièce jointe) > Joindre un lien vers un fichier. Le fichier ne sera pas synchronisé en ligne, et n’utilisera pas d’espace de stockage. Notez que s’il est supprimé ou déplacé, il ne sera plus accessible par Zotero. 

Lorsqu’un fichier est ajouté à votre bibliothèque, Zotero utilise les métadonnées de la référence à laquelle il est associé pour le renommer sous la forme Auteur - Date - Titre. Par exemple:

Renommer automatiquement des fichiers joints

Si le renommage ne s’est pas fait automatiquement, vous pouvez faire un clic droit sur le fichier, puis Renommer le fichier à partir des métadonnées du parent.

Pour désactiver le renommage des fichiers joints:

1. Dans Zotero, cliquez sur:

• PC: Édition > Préférences > Onglet Générales
• Mac: Zotero > Préférences > Onglet Générales

2. Puis décochez Renommer automatiquement les pièces jointes en utilisant les métadonnées parentes.

Obtenez d’autres options de renommage en utilisant l’extension ZotFile. Pour en savoir plus, consultez la page Plugins for Zotero.

Ajouter un fichier à Zotero sans le joindre à une référence préexistante

Capturer en ligne

Si vous consultez un fichier PDF dans votre navigateur, le connecteur Zotero affiche l’icône PDF  vous permettant de le capturer. Pour les autres types de fichiers (PowerPoint, Word, etc.) qui ne peuvent être capturés par le connecteur, vous devez d’abord les enregistrer sur votre ordinateur.

Ajouter depuis l’ordinateur

Voici les options pour ajouter à Zotero un fichier (PDF ou autre type) qui se trouve sur votre ordinateur:

Ajouter une copie du fichier dans Zotero: faites un glisser-déposer du fichier dans Zotero ou cliquez sur  (Nouveau document) > Stocker une copie du fichier.

Pointer vers le fichier sur votre ordinateur: cliquez sur  (Nouveau document) > Lien vers un fichier. Le fichier ne sera pas synchronisé en ligne, et n’utilisera pas d’espace de stockage. Notez que s’il est supprimé ou déplacé, il ne sera plus accessible par Zotero.

Créer automatiquement un document parent

Si le fichier ajouté est un PDF, Zotero tente de repérer les métadonnées du fichier sur le Web. S’il les récupère, il crée automatiquement un document parent pour le fichier.

La qualité du résultat obtenu varie selon le fichier et les informations qu’il contient. Par exemple, si le DOI est disponible dans le PDF, la référence créée présente généralement des métadonnées complètes.

La création automatique d’un document parent à partir de l’extraction des métadonnées ne s’applique qu’aux fichiers PDF. Vous pouvez toutefois créer un document parent pour tout autre format de fichier (PowerPoint, Word, etc.) en faisant un clic droit sur celui-ci, puis Créer un document parent.

Pour désactiver la création automatique de documents parents:

1. Dans Zotero, cliquez sur:

• PC: Édition > Préférences > Onglet Générales
• Mac: Zotero > Préférences > Onglet Générales

2. Puis décochez Récupérer automatiquement les métadonnées des PDF.

Comprendre le stockage des fichiers avec Zotero

Les fichiers ajoutés à la bibliothèque par capture en ligne, par glisser-déposer ou en mode copie sont enregistrés dans le dossier storage de Zotero. Chaque fichier y est stocké dans son propre sous-dossier dont le nom est généré automatiquement par Zotero.

Les fichiers associés à Zotero avec les méthodes Lien vers un fichier ou Joindre un lien vers un fichier ne sont pas enregistrés dans le dossier storage de Zotero. Seul un lien pointant vers l’emplacement du fichier sur votre ordinateur est enregistré dans Zotero. Notez que si le fichier est supprimé ou déplacé, il ne sera plus accessible par Zotero.

Localiser les fichiers joints sur votre ordinateur

Dans Zotero, cliquez sur:

• PC: Édition > Préférences > onglet Avancées > sous-onglet Fichiers et dossiers
• Mac: Zotero > Préférences > onglet Avancées > sous-onglet Fichiers et dossiers

Sous Emplacement du répertoire de données, cliquez sur Ouvrir le répertoire de données.

Toutes les références capturées par Zotero sont placées dans Ma bibliothèque. Elles peuvent être classées dans des collections et des sous-collections. Chaque référence peut se retrouver dans plusieurs collections ou sous-collections.

• Pour créer une collection, cliquez sur  (Nouvelle collection) dans la barre d’outils de Zotero. Nommez la collection en lui donnant un titre significatif. Glissez une collection sous une autre collection pour en faire une sous-collection.
• Pour créer une sous-collection, faites un clic droit sur la collection dans laquelle vous souhaitez créer la sous-collection puis sélectionnez Nouvelle sous collection.

Les notes permettent d’ajouter une précision à une référence ou une collection. Il est possible de créer une note indépendante dans une collection ou une note associée à une référence. Le texte de ces notes est recherchable.

Ajouter une note indépendante

1. Cliquez sur la collection et sélectionnez Nouvelle note > Nouvelle note indépendante dans le menu de la section du centre.
2. Rédigez ou modifiez la note dans la section de droite.
3. La note jointe à la collection apparaît dans la section du centre.

Ajouter une note associée à une référence

1. Sélectionnez une référence et cliquez sur l’onglet Notes dans la section de droite.
2. Cliquez sur Ajouter pour inscrire une nouvelle note.
3. La note apparaît sous la référence sélectionnée.

Lorsque vous double-cliquez sur un fichier PDF dans Zotero, celui-ci s’ouvre automatiquement dans le lecteur PDF intégré au logiciel. Ce lecteur permet de surligner, d’annoter et de faire des captures d’écran de sections du PDF. Les modifications sont automatiquement sauvegardées lors de la fermeture du PDF.

Les marqueurs permettent de retrouver et d’organiser efficacement des références sur un même sujet. Ils peuvent être thématiques, méthodologiques, etc. Certains outils permettent l’importation de marqueurs, mais il est toujours possible de les modifier ou de les supprimer.

Ajouter des marqueurs

En sélectionnant une référence, les marqueurs associés s’affichent dans la section de droite sous l’onglet Marqueurs.

1. Cliquez sur Marqueurs > Ajouter.
2. Inscrivez votre marqueur (limite de 256 caractères). La saisie semi-automatique permet de sélectionner un marqueur déjà présent dans la bibliothèque.
3. Cliquez sur la touche Entrée. Pour ajouter d’autres marqueurs, répétez cette opération.

Gérer les marqueurs

Le sélecteur de marqueurs, situé au bas du panneau de gauche, permet de gérer les marqueurs. Par défaut, seuls les marqueurs de la bibliothèque, de la collection ou de la recherche enregistrée sélectionnée s’affichent. La fenêtre Sélecteur de marqueurs peut être redimensionnée ou fermée à l’aide de la souris. Pour chercher un marqueur existant, utilisez la boîte de recherche au bas de la fenêtre Sélecteur de marqueurs.

Gérer l’affichage des marqueurs

Le bouton multicolore  de la fenêtre Sélecteur de marqueurs permet d’accéder aux options d’affichage des marqueurs dans cette fenêtre.

Pour afficher tous les marqueurs d’une bibliothèque (Ma bibliothèque ou Bibliothèques de groupe), même lorsqu’une collection ou une recherche enregistrée est sélectionnée:

1. Cliquez sur le bouton multicolore
2. Sélectionnez Afficher tous les marqueurs de cette bibliothèque

Les marqueurs qui n’appartiennent pas à la collection sélectionnée apparaîtront plus pâles que les autres.

Pour afficher uniquement les marqueurs ajoutés manuellement:

1. Cliquez sur le bouton multicolore 
2. Assurez-vous que l’option Afficher les marqueurs ajoutés automatiquement n’est pas sélectionnée.

Attribuer des raccourcis et des couleurs aux marqueurs

Il est possible d’associer des raccourcis et des couleurs à vos marqueurs favoris (neuf marqueurs maximum).

Pour ajouter un raccourci et une couleur:

1. Dans la fenêtre Sélecteur de marqueurs, faites un clic-droit sur le marqueur de votre choix.
2. Choisissez Attribuer une couleur.
3. Une couleur et une position (chiffre de 1 à 9) sont proposés par défaut. Vous pouvez les modifier.
4. Cliquez sur Définir la couleur.

Pour supprimer ou modifier les couleurs et raccourcis, faites un clic-droit sur le marqueur, cliquez sur Attribuer une couleur puis sur Supprimer la couleur, ou changez la couleur ou la position.

Une fois une couleur attribuée à un marqueur, un carré de couleur s’affiche dans la section centrale, à gauche de chaque référence associée. Dans la fenêtre Sélecteur de marqueurs, les marqueurs favoris apparaissent en couleur et toujours en tête de liste, quelle que soit la collection sélectionnée.

Vous pouvez utiliser les raccourcis clavier (chiffre de 1 à 9) pour ajouter rapidement vos marqueurs favoris aux références.

Importer automatiquement les marqueurs 

Lors de la capture de références dans une base de données ou un outil de recherche, il est possible que des marqueurs soient importés automatiquement dans votre bibliothèque Zotero.

Si vous ne souhaitez pas importer les marqueurs automatiquement, décochez Ajouter automatiquement aux documents des marqueurs à partir des mots-clés fournis dans les préférences de Zotero (onglet Générales).

Renommer un marqueur

Dans la fenêtre Sélecteur de marqueurs

• Faites un clic-droit sur le marqueur à modifier.
• Sélectionnez Renommer le marqueur.
• Inscrivez un nouveau nom, puis cliquez sur OK.

Un marqueur modifié dans la fenêtre Sélecteur de marqueurs est modifié pour tous les documents associés. Il est également possible de modifier un marqueur dans l’onglet Marqueur d’une référence sélectionnée. Dans ce cas, seul ce marqueur sera modifié, et uniquement pour ce document.

Supprimer un marqueur

Dans la fenêtre Sélecteur de marqueurs

1. Faites un clic droit sur le marqueur.
2. Choisissez Supprimer le marqueur, puis cliquez sur OK.

Si vous supprimez un marqueur dans la fenêtre Sélecteur de marqueurs, il disparaîtra pour tous les documents auxquels il est associé.

Si vous souhaitez simplement effacer un marqueur associé à un document:

1. Dans la section du centre, sélectionnez le document.
2. Dans la section de droite, sous l’onglet Marqueurs, cliquez sur le signe moins (-) à la droite du marqueur à supprimer.

Copier des marqueurs entre bibliothèques de groupe

Il est possible de copier un document d’une bibliothèque à une autre avec ou sans ses marqueurs en cochant/décochant la case les marqueurs sous l’onglet Générales des Préférences de Zotero.

Il est possible qu’une référence se retrouve en double dans votre bibliothèque Zotero. Ce cas se présente lorsqu’on utilise plusieurs outils de recherche référençant les mêmes documents.

1. Dans la section de gauche de l’interface de Zotero, cliquez sur Doublons. Les doublons s’affichent dans la section du centre.
2. Il est possible de fusionner les doublons afin de conserver le maximum d’informations sur le document. Sélectionnez les références et cliquez sur Fusionner X documents. La fusion n’affecte pas les citations et les bibliographies créées automatiquement.

Il est possible le lier des éléments (références, notes ou fichiers joints) de la bibliothèque entre eux à l’aide de la fonction Connexe. Par exemple, on pourrait lier un chapitre de livre avec le livre lui-même, ou lier une version anglaise et française d’un même article.

1. Sélectionnez la référence et cliquez sur Connexe > Ajouter.
2. Dans la fenêtre qui s’ouvre, sélectionnez le ou les éléments à mettre en relation avec la référence et cliquez sur OK. Les éléments liés apparaissent dans la section de droite sous l’onglet Connexe. La connexion se fait dans les deux sens, et la référence apparaîtra aussi dans la section Connexe des éléments.

Via la barre d’outils

1. Dans la barre de recherche de la barre d’outils de Zotero, sélectionnez les champs de recherche à utiliser.
   
    
2. Entrez un terme dans la boîte de recherche et lancez la recherche. Les éléments associés à ce marqueur sont affichés dans le panneau central.

Via le sélecteur de marqueurs

Cliquez sur un marqueur affiché dans le Sélecteur de marqueurs, en bas à gauche. Les documents auxquels ce marqueur a été apposé s’affichent.

OU

Entrez un marqueur dans la boîte de recherche du Sélecteur de marqueurs et lancez la recherche.

Pour effacer la sélection, cliquez à nouveau sur le marqueur dans le Sélecteur de marqueurs ou supprimer le marqueur de la boîte de recherche. Tous les marqueurs de la bibliothèque s’affichent à nouveau.

Dans la section du centre, cliquez sur l’entête d’une colonne afin de trier les références en fonction de ce champ. Vous pouvez inverser l’ordre en cliquant une deuxième fois sur l’entête.

1. Dans Zotero, sélectionnez la référence à retirer de la bibliothèque.
2. Cliquez sur le bouton droit de la souris et sélectionnez Mettre le document à la corbeille. Vous pouvez aussi glisser la référence dans la corbeille à gauche de l’écran ou encore taper sur la touche Suppr de votre clavier. La référence est versée dans la Corbeille et peut être récupérée en cas d’erreur de suppression. L’action « Vider la corbeille » est toutefois irréversible.